A matrjoskák eredetét többféleképpen is magyarázzák. Egyes források szerint feltehetően Japánból kerültek az Orosz Birodalomba az első babák, az orosz-japán háborút követően a japán fogságból visszatérő orosz hadifoglyok hozták magukkal.

Az első orosz formavilágot idéző matrjoska elkészítését Vaszilij Zvjozdocskin esztergályosnak tulajdonítják, aki feltehetően 1890-ben készítette el művét aMoszkvától 73 kilométerre fekvő Szergijev Poszadban. Az első ismert díszítést Szergej Maljutyin festőművész készítette. Zvjozdocskin visszaemlékezése szerint ő soha nem látott eredeti japán babát, azt csak elbeszélésből ismerte, viszont az orosz mesterek jóval a matrjoskák megjelenése előtt is készítettek egymásba rakható, fából faragott, húsvéti tojásokat.

A párizsi világkiállításon 1900-ban M. A. Mamontov matrjoskákat állított ki, melyeket a világkiállítás bronz érmével jutalmaztak.